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概述
SeqGeq™ v1.7软件是一个桌面生物信息学平台,用于单细胞实验分析,由FlowJo™ 软件的制造商开发。SeqGeq™ 软件包括一系列信息功能,包括:V(D)J分析,Seurat聚类,单细胞轨迹分析等等。
使用SeqGeq™软件支持研究人员进行复杂分析、数据探索和可视化,具有易于使用的拖放界面,界面与 FlowJo™软件相似。SeqGeq™ 软件可以生成高质量的数据,这些数据可以很容易地共享。
特点
SeqGeq™ 软件具有直观的拖放界面,允许您:
- 从任何平台轻松导入用户的scRNA-seq数据
- 使用tSNE、PCA和LDA方法进行降维
- 使用直观的设门工具选择感兴趣的细胞群
- 识别、比较和对比差异表达基因
- 使用强大的可视化工具生成出可用发表的图片
强大的工具帮助你深入研究单细胞基因表达
- 火山图中的差异表达分析可以对上调和下调基因进行严格的统计分析
- 基因集富集分析-定义生物学功能和识别感兴趣的靶基因
- 质量控制,创建质量控制参数,用于消除异常值、碎片
- 更多的工具,包括发育轨迹分析,以及更多在FlowJo Exchange网站上可用的插件
开放式插件架构可以帮助您的研究保持领先。
SeqGeq™ 软件提供插件,帮助您快速直观地学习信息学方法。目前的产品包括但不限于:
- Seurat插件
- ViolinBox插件
- BatchLR插件
- TriMap插件
- iCellR插件
下载并查看FlowJo Exchange 网站上提供的完整插件库!
新的升级
SeqGeq v1.7 软件的最新版本
- 此更新包含几项工作流程的改进,以精简您的分析。
- “Save”功能的问题已得到修复。不再需要使用” Save AS”功能并制作连续版本或保存过多的.geqzip分析文件副本,更改为关闭工作区时会创建的自动保存对话框。
- 更新为Java9 运行
- Layouts中的单细胞热图的数据现已缓存,更新初始创建的热图速度会更快。
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