SeqGeq™ v1.6 Software

Overview

ScRNA-seqデータから生物学的インサイトへ導く解析プラットフォーム

SeqGeq™v1.7ソフトウェアは、FlowJo™ソフトウェアのメーカーによって開発された、デバイスに依存することなくご使用いただける、シングルセル研究用のデータ解析ツールです。 SeqGeq™ソフトウェアには、V（D）J解析、Seuratクラスタリング、Monocle軌道推定など、さまざまな解析機能が含まれています。

SeqGeq™ソフトウェアでは、FlowJo™ソフトウェアと同様に、使用しやすいドラッグ＆ドロップインターフェイスを使用していて、高度な分析、データ探索、および視覚化を実行することができます。 SeqGeq™ソフトウェアは、コラボレーションまたは公開用に簡単に共有できる高品質なデータを生成します。

FEATURES

SeqGeq™ Software has an intuitive drag-and-drop interface and lets you:

Easily import your scRNA-seq data from any platform
Perform dimensionality reduction with tSNE, PCA and LDA
Select populations of interest using intuitive gating tools
Identify, compare and contrast differentially expressed genes
Generate publication-ready figures using powerful visualization tools

Powerful tools help you dive deep into single-cell gene expression

Differential expression analysis in volcano plots allows statistically rigorous exploration of up- and downregulated genes
Gene set enrichment analysis—to define biological function and identify target genes of interest
Quality control, which creates QC parameters used to remove outliers, debris and doublets
More tools including those with which to map developmental trajectory, handle dropouts and categorical variables, and many more available as plugins on the FlowJo Exchange

Open-ended plugin architecture helps your research stay ahead of the curve.

SeqGeq™ Software offers plugins that help bring informatics innovation to you quickly and intuitively. Current offerings include but are not limited to:

Seurat
ViolinBox
BatchLR
TriMap
iCellR

Download and see the complete library of plugins available on the FlowJo Exchange!

特徴

SeqGeq™ソフトウェアの直感的なドラッグ＆ドロップインターフェイスで出来ること：

どんなプラットフォームからのデータでも簡単にインポート
tSNE, PCA およびLDA などの次元削減を実行
直感的なゲーティング・ツールを使用して関心のある細胞・遺伝子集団を選択
差次発現解析で遺伝子の同定、比較、対比が可能
強力な可視化ツールを使用して同時に複数の図を容易に作成

パワフルなツールでさらに深いシングルセル遺伝子発現解析を可能に

volcano plotによる差次的遺伝子発現解析で統計的優位性を示す高発現または低発現遺伝子探索
遺伝子セットエンリッチメント解析-遺伝子セットを入力して、以前の発現差解析から得られた既知の生物学的状態に関連する他の遺伝子セットと比較することで生物学的情報が得られます
外れ値、デブリ、ダブレットを除去するためのQCパラメータ作成してクオリティ・コントロールを実施
分化経路推定マッピング、ドロップアウトやカテゴリ変数処理、またFlowJo Exchangeのシングルセル解析には欠かかせない様々なプラグインなどの解析ツールの充実性

SeqGeq™ ソフトウェア用のプラグインには非常に多くの新しい機能が追加されお客様のシングルセル解析をサポートします。

現在提供されている、SeqGeq™ ソフトウェア用のプラグインのをご紹介をします。

Seurat
ViolinBox
BatchLR
TriMap
iCellR

是非、FlowJo Exchangeでプラグインをダウンロードしてお試しください！

NEW UPDATES

SeqGeq™v1.7ソフトウェアの最新リリース

グラフウィンドウ内の細胞と遺伝子情報をマウスオーバーすることで、プロット内の各ドットの形質を迅速にかつ簡単に識別することができます。さらに、GeneViewプロットのパラメータ名をグラフに固定する機能を追加し、これらのアノテーションをエクスポートまた公開できるようになりました。
高解像度画像（最大4096 x 4096ピクセル）が利用可能になりました。論文投稿用としてすぐにご使用いただけます。さらには、等高線図のシード調整が可能になり、そのプロットタイプ内のあらゆる規模の細胞集団をより適切に示すことができるようになりました。
ドット形状は、レイアウトエディタのドットプロット及びドットプロットオーバーレイ内で調整することができます。ドットサイズも、編集できるようになりました。

TRAINING AND RESOURCES

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